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實驗室在分析過程中會產生一定量的廢液，如果不加以處理就直接排放，廢液中的污染物就會對水體造成污染，不僅是局部水域或河流的污染，而且會通過食物鏈對人類或動物造成危害。毒物質污染是水污染中特別特別重要的一大類，種類繁多，但共同的特點是對生物有機體的毒性危害，造成水體毒污染的污染物可以分為四類：非金屬無機毒物(CN-、F-、S2-)；重金屬與類金屬無機毒物(Hg、Cd、Pb、Cr、As)；易分解有機毒物(揮發酚、醛、苯等)；難分解有機毒物(多氯聯苯、多環芳烴等)；實驗室分析過程中有許多藥品試劑會帶來二次污染，尤其是常見的含酚、氰、汞、鉻、砷的廢液須經處理合格后才能排放。
廢液的分類：
（1）易燃液體：環己烷、丙酮、二硫化碳、苯、乙醇、吡啶等。
（2）毒害品：汞、鉛、砷、苯酚、氰化物、鉻、三氯甲烷、四氯化碳等。
（3）腐蝕品：硝酸、硫酸、鹽酸、磷酸、氫氧化鈉、氫氧化鉀、硫化鈉、乙醇胺、環己烷、甲醛。
（4）氧化劑：高氯酸、高錳酸鉀、重鉻酸鈉、過硫酸銨、氯酸鈉。
廢液的處理方法：
實驗室廢液的處理遵循“減量化”、“無害化”的處理原則，首先在實驗室分析過程中取用試劑遵循“用多少取多少”的原則，盡量接近試劑的實際用量，從源頭控制或減少廢液的產生量，其次是無害化處理，減少有毒物質的污染，尤其是引起人們高度重視的五毒即“酚、氰、汞、鉻、砷”的廢液，須經處理合格后才能排放。
廢液處理原則：
對高濃度廢酸、廢堿液要經中和至中性時排放。對于含少量被測物和其他試劑的高濃度有機溶劑應回收再用。用于回收的高濃度廢液應集中儲存，以便回收；低濃度的經處理后排放，應根據廢液性質確定儲存容器和儲存條件，不同廢液一般不允許混合，避光、遠離熱源、以免發生不良化學反應。廢液儲存容器須貼上標簽、寫明種類、儲存時間等。
